1. Asian Journal of Mycology (AJOM) (TCI-2) ศูนย์ความเป็นเลิศทางด้านการวิจัยเชื้อรา 2. Greater Mekong Sub-region Medical Journal (GMS Medicine Journal) (TCI-2) สำนักวิชาแพทยศาสตร์ 3. Journal of Health Science and Alternative Medicine (JHSAM) (TCI-2) สำนักวิชาวิทยาศาสตร์สุขภาพ 4. วารสารจีนวิทยา (TCI-2) ศูนย์ภาษาและวัฒนธรรมจีนสิรินธร 5. วารสารนิติศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง (TCI-2) สำนักวิชานิติศาสตร์ 6. MFU Connexion: Journal of Humanities and Social Sciences (TCI-1) ส่วนบริหารงานวิจัย 7. วารสารวจนะ (TCI-2) สำนักวิชาศิลปศาสตร์
